Le premier septembre 1638, l’armée de Longueville qui vient d’incendier les châteaux d’Autrey-lès-Gray et de Champlitte quitte la Comté en direction de Langres. C’est la fin d’une troisième campagne particulièrement destructrice de la guerre de Dix Ans.
Du 31 août au 6 septembre 1793, une insurrection populaire contre-révolutionnaire éclate dans plusieurs cantons du Doubs, notamment dans les régions d’Ornans et de Pontarlier. Elle est connue sous le nom de « Petite Vendée Comtoise ». L’opinion publique suit le « parti catholique » qui vitupère la déchristianisation de la Convention. La révolte est brève mais laisse des souvenirs durables.
Le premier septembre 1944, les troupes américaines du VIème corps d’armée arrivent en Franche-Comté après une progression rapide depuis le débarquement en Provence. Dans les premiers jours du mois des villes du Jura sont libérées. Le dimanche 3, les troupes françaises entrent dans Lons-le-Saunier précédant de quelques heures les troupes américaines. Le 5, ils sont à Besançon et libèrent la ville avec l’aide de la Résistance locale. Les allemands battent en retraite mais ils font sauter les ponts Battant et Saint-Pierre le 7 septembre.
